O CRN-3 foi constituído por meio da Portaria nº 3.103, de 5 de março de 1980, assinada por Murillo Macêdo, então Ministro do Trabalho. A primeira presidente, dra. Maria Lucia Ferrari Cavalcanti (CRN-3 0001) e o colegiado foram empossados em 9 de junho de 1980. Ao iniciar suas atividades, o CRN-3 não possuía sede própria e, por isso, utilizou por alguns anos a sede da Associação Paulista de Nutrição - APAN.

Em 19 de março de 1981, por meio do Edital de Convocação, publicado nos jornais Folha de S. Paulo e O Estado de S. Paulo, o CRN-3 convocou os profissionais que solicitaram sua inscrição durante o ano de 1980 a efetuarem o pagamento da 1ª anuidade do Conselho, referente ao ano de 1981, para receberem a sua documentação profissional. A cerimônia de entrega das 100 primeiras carteiras de identidade profissional ocorreu em 8 de maio de 1981, no Anfiteatro do Instituto da Criança do Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP), fato este divulgado no jornal Folha de S. Paulo em 14 de maio.

Dois anos após sua instituição, foi lancada a "CRNotícias", sua primeira revista.

Durante o 2º Colegiado, triênio 1983/1986, a sede foi adquirida, localizada na Avenida Paulista, 568, 6º andar.

Empossado o 3º Colegiado (1986-1989).

O CRN-3 instala a representação em Campo Grande (MS).

Criação da representação de Curitiba (PR).

Empossado o 4º Colegiado (1989-1992). Criação da representação de Londrina (PR).

10 anos de existência do CRN-3; Os profissionais de nível técnicos deixam de se inscrever nos Conselhos Regionais. 

Empossado o 5º Colegiado (1992-1995). 

Criado o Prêmio Destaque Profissional Nutrição em comemoração ao Dia do Nutricionista.

Empossado o 6º Colegiado (1995-1998). Criação da representação de Campinas (SP). O CRN-3 já contava com o parque de informática. 

Alteração do prêmio criado em 1993 para Prêmio "Eliete Salomon Tudisco" - Destaque Profissional. Criação da representação de Ribeirão Preto (SP).

Empossado o 7º Colegiado (1998-2001). A representação de Campinas (SP) é transformada em delegacia, encerrando suas atividades em 2003. 

Por meio da Resolução CFN nº  227/99, alterada pelas Resoluções CFN nº 247/2000, nº 263/2001 e nº 312/2003, hoje revogada pela Resolução CFN nº 604/2018, volta a ser obrigatória a inscrição dos Técnicos em Nutrição e Dietética (TND) nos Conselhos Regionais; Criação da representação de Bauru (SP).  

20 anos de existência do CRN-3; Lançado o site www.crn3.org.br.

Empossado o 8º Colegiado (2001-2004); CFN e Asbran instituem o título de especialista, a partir de projeto-piloto elaborado pelo CRN-3. A representação de Curitiba (PR) é tranformada em delegacia.

Em 27 de setembro, durante evento realizado pelo CRN-3 na Assembleia Legislativa de São Paulo, os Técnicos em Nutrição e Dietética(TND) escolheram a data 27 de junho para comemorar a profissão. 

Instituída a Comissão Executiva de Gestão Provisória (CRPro) do CFN, com a missão de organizar um novo processo eleitoral, de 18 agosto de 2004 a 18 de fevereiro de 2005. 

Empossado o 9º Colegiado (2005-2008); Aquisição de nova sede em 13 de dezembro de 2005, na Avenida Brigadeiro Faria Lima, nº 1461, 3º andar - Jardim Paulistano - Torre Sul - Condomínio Mario Garnero, São Paulo-SP.

A partir de janeiro de 2006, o estado do Paraná foi separado, passando a constituir o Conselho Regional de Nutricionistas – 8ª Região (CRN-8). A representação de Campo Grande (MS) é transformada em Delegacia.

Inaugurada em 29/3/2007 a nova sede do CRN-3; Criada as delegacias no estado de São Paulo: Bauru, Presidente Prudente, Ribeirão Preto, São José do Rio Preto, São José dos Campos e Santos; Reinaugurada a delegacia de Campinas (SP)

Empossado o 10º Colegiado (2008-2011).

Inaugurada a delegacia de Sorocaba em 25 de maio; A revista do CRN-3 passa se chamar "Nutrir".

30 anos de existência do CRN-3. 

Empossado o 11º Colegiado (2011-2014). A revista "Nutrir" passa se chamar a "Revista CRN-3"

Empossado o 12º Colegiado (2014-2017).

Empossado o 13º Colegiado (2017-2020). Adquirida sede propria da delegacia de Campinas (SP); O CRN-3 lança a campanha digital #SigaUmNutricionista, sua primeira na plataforma de vídeo Youtube; CRN-3 posiciona-se contrário a cursos de gradução na modalidade 100% EAD da área da Saúde; Disponibilizado para categoria e sociedade o Portal de Transparência. 

Cria-se neste Regional a primeira Comissão Especial e Transitória de Políticas Públicas em Nutrição do Sistema CFN/CRN; Assinado Termo de Cooperação entre CRN-3 e o Conselho Regional de Educação Física de São Paulo;

Empossado o 14º Colegiado (2020-2023).